Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης λειτουργεί μέσα στα πλαίσια του Πανεπιστημίου Κρήτης καλύπτοντας όλες τις δραστηριότητες ενός πλήρους και σύγχρονου μουσείου:

• Διατηρεί και αναπτύσσει συλλογές,
• Πραγματοποιεί έρευνες για το φυσικό περιβάλλον,
• Συνεισφέρει στην εκπαιδευτική διαδικασία όλων των βαθμίδων της εκπαίδευσης και
• Προβάλλει στους εκθεσιακούς του χώρους τις ιδιαιτερότητες του περιβάλλοντος της Κρήτης και της Μεσογείου.

Η εντυπωσιακή του ανάπτυξη κατά την τελευταία δεκαετία αντικατοπτρίζει από τη μια τη μεγάλη ανάγκη της κοινωνίας για τη σωστή περιβαλλοντική ενημέρωση και από την άλλη τη συνέπεια και τον επαγγελματισμό των εργαζόμενων σε αυτό.