Музей основан в 1953 году критским Обществом исторических исследований. В соответствии с завещанием Андреаса Калокерину, музей был расположен в двухэтажном здании эпохи неоклассицизма, построенном в 1903 году, и принадлежащем его семье.

Целью критского Общества исторических исследований, под эгидой которого работает Исторический музей Крита, было и является сохранение и развитие культурного наследия Крита с раннего византийского периода до современности. Цель эта достигалась постепенно, постоянным пополнением коллекций, покупкой и принятием в дар ценных экспонатов, а также принятием на хранение экспонатов из фонда Министерства культуры.

Исторический музей Крита славится своим новаторским духом. Последовательное расширение музея, внедрение современных музеологических концепций и электронных приложений способствовало созданию современного «живого» музея, способного удовлетворить запросы любознательных посетителей. Сегодня коллекция Исторического музея Крита отображает историю и искусство острова от ранних христианских времен до XX века.

Музейные экспозиции охватывают широкий временной диапазон от эпохи Византийской империи до основных исторических событий конца XIX века и Второй мировой войны. Прослежена история искусства со времен Византии до наших дней. Особое внимание уделено греческой литературе и ее ведущими деятелям (Элитису и Казандзакису). Наравне с постоянными коллекциями и временными выставками, важным источником знаний являются бесплатные, постоянно обогащающиеся образовательные программы музея.

Лекции, научные симпозиумы, кинопоказы и презентации книг в актовом зале Исторического музея, являются существенным дополнением музейной деятельности и подтверждением того, что музей – экстравертная, универсальная культурная организация.